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蜥蜴生境各异,生活于地下、地表或高大的植被中,哪有蜥蜴养殖,沙漠及海岛中均可见。仅存的海生种为加拉帕戈斯群岛(Galapagos Islands)的海鬣蜥,食海藻。有几种蜥蜴部分水栖,食淡水生物。对蜥蜴最为重要的环境因素为温度,许多种有其「最适温度」,会晒太阳以升高体温,使之高于气温。生活于寒冷地区的种冬眠。昼长对蜥蜴亦有影响。大部分蜥蜴为卵生,卵产于所挖穴中,树木、岩石的裂缝中,或落叶层下。有些蜥蜴(尤其是生活于高海拔、高纬度地区者)为卵胎生或胎生。多无护卵习性,蜥蜴养殖培训,但五线圆筒蜥(Eumeces fasciatus)在孵化期间守在卵边。少数种(如Lacerta属及Cnemidophorus属)有孤雌生殖。 泄殖肛孔位于尾基部腹面,老河口蜥蜴,是尾与躯干部的分界。後者的孤雌生殖型为两个性种的杂种。许多壁虎将卵产于同一地点。豢养条件下希拉毒蜥寿命可达25年,壁虎达20年。
多数种类蜥蜴系卵生(Oviparous)、一般于夏季产卵于温暖潮湿而隐蔽的地方。卵数由一二枚到十几枚不等。卵的大小与该种个体的大小有一定的关系。壁虎科的卵略近圆形,卵壳钙质较多,壳硬而脆。其他各种蜥蜴的卵多为长椭圆形,壳革质而柔韧。
有的蜥蜴卵在母体输卵管后段(“子宫”)就开始发育,直到产出仔蜥,叫做卵胎生(Ovoviviparous)。石龙子科中不少种类为卵胎生,其余各科蜥蜴多为卵生。同一属中有的种类为卵生,另一些种类则为卵胎生。譬如南蜥属中多线南蜥(Mabuya multifasciata)为卵胎生,多凌南蜥(M.multicarinata)为卵生。
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