任何的包装都没有至善至美的，多多少少全是会出现一部分缺点。
木箱整合包装也是有它的缺点的，木质整合包装厂家介绍它的缺点是： 之一密封性差，因为通过板材锯拼而成，木工板间空隙存在、密闭性关不上、为了更好地能够更好地防潮防水防雨尽量在内部应用丙纶防水或包装袋。 之二是缓存文件特点差，家具板材箱、厢体內外两面都是硬的，没有可塑性、抗震等级建筑抗震等级专业能力误差，尽量内填高密度聚乙烯泡沫塑料或碎纸、纯棉纱等缓存文件物才能够保证内装商品不容易遭受损坏。
木质的整合包装很大的难点是与生态环保绿色生态生态环境保护的矛盾。木箱包装包装需要消耗木材，而木材的成长发育速度又远远无法跟上木箱整合包装的使用量。在中国是个生态资源极为匡乏的在我国，树林极盖率仅有13%左右，居全世界160个在我国中的第120位。近些年由于乱砍乱伐，只砍不种，从而造成生态资源迅速消耗，造成 土和水情况严重流失，洪水灾害不断提升。此外，木箱包装包装在出口商品运送中也面对困境。成本上升、难易度大，因而在我国急缺设计开发新型整合包装产品。
