毒性许多食品生物本身就能产生大量的毒性物质和营养因子,如蛋白质抑制剂、溶血栓、神经毒素等以抵抗病原菌和害虫的入侵。现有食品中毒素含量并不一定会引起毒效应,当然如果处理不当,某些食品(如木薯)能引起严重的生理问题甚至**。在转基因食品加工过程中由于基因的导入使得毒素蛋白发生过量表达,产生各种毒性,从理论上讲任何基因转入的方法都可能导致遗传工程体(GMO)产生不可预知的变化,包括多向效应。食品过敏性食品过敏是一个世界性的公共卫生问题。据估计有近2%的成年人和4.6%的儿童患有食物过敏。转基因作物通常插入特定的基因片断以表达特定的蛋白,而所表达的蛋白如果是已知过敏源,则有可能引起人类的不良反应,即使表达蛋白为非已知过敏源,但只要是在转基因作物的食用部分表达,则也需对其进行评估。