危害对农作物的损害化肥都是由各种不同的盐类组成，所以长期和大量施用这些由盐类组成的肥料，当肥料进入土壤后，就会增加土壤溶液的浓度而产生不同大小的渗透压，作物根细胞不但不能从土壤溶液中吸水，反而将细胞质中的水分倒流入土壤溶液，就导致作物受害。典型的例子就是作物“烧苗”农药大量施用后，造成农药残留或深入地下水，对水源也造成污染。近几年大蒜价格低就是因为农药残留超标，国外收购商取消收购，导致的。我们自己食用的也可能检验不合格，只是国内民众的觉悟没有那么高，再就是自己化验的成本太高。普通民众承担不起。
对环境的污染①河川、湖泊、内海的富营养化。引起水域富营养化的原因，主要是水中氮、磷的含量增加，使藻类等水生植物生长过多。②土壤受到污染，土壤物理性质恶化。长期过量而单纯施用化学肥料，会使土壤酸化。土壤溶液中和土壤微团上有机、无机复合体的铵离子量增加，并代换Ca2+、Mg2+等，使土壤胶体分散，土壤结构破坏，土地板结，并直接影响农业生产成本和作物的产量和质量。③食品、饲料和饮用水中有毒成分增加。亚硝酸盐的生物毒性比硝酸盐大5～10倍，亚硝酸盐与胺类结合形成的N－亚硝基化合物则是强致癌物质（见N－亚硝基化合物与癌）。使用化肥的地区的井水或河水中氮化合物的含量会增加，甚至超过饮用水标准。施用化肥过多的土壤会使蔬菜和牧草等作物中硝酸盐含量增加。食品和饲料中亚硝酸盐含量过高，曾引起小儿和牲畜中毒事故。化学肥料中还含有其他一些杂质，如磷矿石中含镉10～100ppm，含铅5～10ppm，这些杂质也可造成环境污染。④大气中氮氧化物含量增加。施用于农田的氮肥，有相当数量直接从土壤表面挥发成气体，进入大气。还有相当一部分以有机或无机氮形态进入土壤，在土壤微生物作用下会从难溶态、吸附态和水溶态的氮化合物转化成氮和氮氧化物，进入大气。为了防止环境污染，应对施用的化学肥料进行控制和管理。化肥行业市场发展现状及未来前景2012年中国化肥行业共有2203家企业，总共实现销售收入8362亿元，同比增长17.2%；实现净利润446亿元，同比增长11.6%。从2008-2012年化肥行业平均净利润率5个月的平均走势来看，2012年季节性波动特征有所增强。中国化肥行业净利润率变化趋势图中国化肥行业净利润率变化趋势图 随着2012年化肥生产成本的继续走高，在原料成本方面，如煤炭、天然气、**、原料氯化钾等的采购价格虽较上年无明显上涨，但也未出现下降。燃料成本方面，成品油价格上涨了200-300元/吨。另一方面，原料和燃料供应不足，有价无市的现象更为普遍，造成化肥生产装置开工率下降，在一定程度上推高了化肥企业的制造成本。
